양식어업은 어선어업으로 대표되는 잡는 어업과 함께 우리나라 수산업의 양대 축을 이루고 있을 만큼 중요한 비중을 차지하고 있다. 그 동안 증산위주 정책으로 많은 발전을 했으나 환경수용력을 고려하지 않은 초과 및 과잉시설의 문제로 어장환경이 악화되고 있다. 또한 한․중, 한. 일 어업협정 발효에 따른 어장 축소와 조업규제강화로 생산성이 떨어지고 수산물수입도 완전 개방, 현재 생산규모도 유지하기 쉽지 않다. 이런 상태에서 국내 양식어업을 계속 발전시키려면 생산구조를 전면 재편함과 동시에 현재 양식장의 효율적 이용 방안도 강구해야 한다. 양식어업으로 국내 기후조건에 맞는 양식품종은 패류와 해조류를 제외하곤 거의 없다. 그러므로 중국에서 낮은 가격으로 양식물이 수입될 수 있는 넙치는 현재 수준에서 동결하고 조피볼락은 고급품종의 소량 생산으로 대체하는 방법도 검토해야한다. 좋은 품종은 육종을 통해 양질 품종을 유지할 수 있도록 해야한다.

우리나라 양식품종은 특히 어류의 경우 성장 둔화, 대량 폐사, 비자동화, 인력의 상주, 때때로 발생하는 자연 재해 등에 따른 비용 증가로 다른 나라와 경쟁한다는 것은 거의 불가능하다. 때문에 다른 나라와 경쟁력을 키우기 위해 다음과 같은 조건을 갖춰야 한다. 어류양식방법은 종묘생산, 중간육성, 상품생산으로 3단계, 패류, 갑각류, 해조류는 종묘생산과 상품생산에 따른 2단계로 구분, 자동화해 인건비축소를 해야 한다. 양식수산물에 대한 관측제도 및 유통명령제를 도입해 생산․유통․소비․수출입 등 수급관련 정보를 신속하게 제공해 자율적으로 양식 수산물 생산을 조절하도록 유도해야 한다.

어업인의 자율적 생산조절만으로는 가격과 소득안정이 어렵고 특히 WTO-DDA협상 결과에 따라 양식어업 경영여건이 급격히 악화, 직접지불제를 도입해야 한다. 무면허 및 법정기준 초과 양식시설을 철거, 적정시설을 유지해 사후관리를 강화해야 한다. 양식어장정화사업 효율성을 제고하기 위해 이 사업효과에 대한 사후평가를 강화하고 어장관리특별해역에 대한 양식어업 휴식년제 도입을 추진해야 한다. 해양양식어장 개발 활성화를 위해 해외어장에서 시험양식사업을 추진하고, 해외양식어장 개발업체에 대한 경영자금 지원을 확대해야한다. 자연재해를 입었을때 신속한 회복을 위해 재해 지원조건을 개선하고 양식수산물에 대한 재해보험제도 도입과 현실적 보상이 이루어져야 한다.