어업과 양식을 통해 수산물을 일차적으로 생산하는 측면에서 볼 때 현재 증산위주 양식발전형 단계에서 산업활동이 점차 활력을 잃어가고 있는 전환기적 불안정시기로 간주할 수 있다. 또 앞으로 수산업의 질적 발전을 위해 기술적 기반을 구축해야 하는 과도기적 산업정체기라고도 할 수 있다. 따라서 양식업이 과거 70년대 서해안 양식백합을 최대로 생산한 이후 발생한 제반 문제를 기술적으로 해결할 수 있는 역량을 갖추지 못해 결국 쇠퇴해 버린 전철을 밟지 않고 지속적으로 발전해 나가기 위해서는 장기 발전방향 제시와 함께 단계별 추진전략을 적정하게 설정, 연구역량을 총체적으로 결집해야 한다.

증ㆍ양식분야 연구는 현재까지 수산물의 대량생산을 목적으로 전문분야별로 생산중심으로 연구를 거듭해왔다. 특히 연구인력이 적은 우리나라에서 유기적으로 연계성을 갖지않고 필요에 따라 무작위적으로 분산, 연구해 연구성과의 활용도를 감소시키기보다 장기발전방향에 따라 합리적으로 설정된 단계별 연구추진전략에 맞춰 유기적, 체계적으로 연구할 수 할 수 있는 기반을 조성해야 한다. 그래야만 지금처럼 어려운 증ㆍ양식 산업을 타개, 미래지향적 수산종합생물 산업으로 발전시킬 수 있는 계기를 마련할 수 있다. 양식업은 단순히 일정량의 수산물을 생산해 기호식품으로 공급하는 단계를 넘어섰다. 기술개발에 따라 생태계 내 특종 품종들의 대량생산 공급체계로 발전하면서 바다 환경과 생태계의 생명부양 능력 즉 환경수용력을 초과해 생태계 균형을 파괴하고 기존의 양식생산 기반마저 상실할지도 모를 상황에 이르렀다. 이 때문에 기존의 양식 생산방식이 환경에 미치는 부정적 영향과 역할에 대해 모두 공감함으로써 양식환경을 개선하기 위한 많은 노력을 기울이고 있다.

그러나 환경자체의 개선에만 노력이 집중되고 있는 것 같아 아쉬움이 있다. 양식환경을 개선하는 방법은 물리적, 화학적 방법 등 여러 가지가 있을 수 있지만 생물학적 환경개선 방법은 환경개선과 동시에 생태계를 복원할 수 있는 이중의 장점을 갖고 있다. 일본은 수산업을 지속적으로 발전시키기 위해 수역 생태계의 구조와 기능 및 양식장 환경의 동태에 대한 기초기반연구를 체계적으로 진행하고 있으며, 중국은 이미 오래 전부터 생태양식을 추진해 오면서 많은 산업적 경험과 학문적 지식을 축적해 오고 있다. 그리고 1995년 세계식량농업기구(FAO)에서 채택된 책임있는 수산업에 관한 규범에서도 앞으로 양식업의 개발은 유전적 다양성 및 생태계에 미치는 영향을 평가하고 양식활동으로부터 나타나는 부정적인 영향을 최소화해야 한다고 규정하고 있다. 따라서 생태계 복원과 보전을 전제로 하지 않으면 지속적인 양식업 발전은 어려울 전망이다. 때문에 앞으로의 양식은 식량 생산은 물론 양식으로 생태계를 능동적으로 복원하고 보전한다는 이중의 목표를 향해 나아가야 한다.

체계적인 사전조사와 과학적인 연구검토 없이 자연생태계에 단지 양식목적에 적합하도록 생산된 인공종묘를 임의로 방류하는 것은 단순히 자원조성과 바다목장의 사업성 저하에 그치는 것이 아니라 생태계의 균형을 파괴하고 유전적 다양성을 축소해 생물군집의 생존력을 약화시키며 질병의 유입으로 자연군집에 피해를 줄 수 있는 부정적 결과를 초래할 수 있다. 따라서 자원조성과 바다목장사업은 생태학, 생리학, 물리화학 및 병리학, 유전학, 사회경제학 등 모든 관련분야를 포함해 지속적이고 체계적인 과학적 연구를 통해 새로운 기술을 개발하고 검증하며 생계를 복원, 유지, 관리할 수 있는 방향으로 추진해야 한다.