해양수산부는 대규모 해양사고 등 위기 발생시 신속하고 체계적으로 대응하기 위해 해양수산부 위기관리 운영지침(훈령)을 제정하고, 관련 위기대응 매뉴얼을 작성해 관련기관 및 소속기관 등에 배포했다.
이번 훈령의 주요내용을 보면 △위기관리 대상을 전통적 안보분야, 재난분야, 국가 핵심기반분야로 분류하고 △위기관리업무에 대한 주관(유관)기관 및 실무매뉴얼 작성부서를 지정하며 △위기관리 활동을 예방, 대비, 대응, 복구로 구분해 추진하고 △장관 소속하에 위기평가위원회를 두고, 각 소관분야별로 실무위원회를 두도록 했으며 △위기관리업무에 대한 교육 훈련 근거를 마련하고 △정부위기관리업무 평가기준에 따라 자체 평가체제를 구축토록 했다.

또 NSC의 33개 표준매뉴얼에 따라 대규모 해양오염, 육상화물 운송, 풍수해재난, 지진 및 지진․해일재난, 서해 NLL 우발사태 및 전염병(산업연수생)분야의 위기사태 등 6개 분야에 대한 실무매뉴얼을 작성해 NSC 등 관계기관과 소속기관에 배포해 위기관리업무에 활용토록 했다.