수산과학원 공무원노조 준비위원회는 지난 8일 최근 말라카이트 그린사태와 관련, 해양수산부가 모든 책임을 수산과학원에 떠넘기는 것은 부적절한 대응책이었다고 지적, 정책결정에 앞장선 해양수산부 고위직이 책임지는 자세를 보여야 한다는 등의 내용을 담은 성명서를 발표했다. 노조준비위원회는 이번 말라카이트 그린사태의 개념정립이 안 된 상황에서 홈페이지에 말라카이트 그린 관련부분을 기술하고 수산기술지에서도 이의 사용을 인정했다는 지엽적인 부분을 문제 삼아 수산과학원에 큰 책임을 물은 것은 본질을 호도하는 행위라고 반박했다.

따라서 노조준비위원회는 △이번 사태와 관련, 정책결정 및 위기대처 능력에 대한 시스템 전반을 점검하고 향후 유사한 사태가 재발되지 않도록 통렬한 자기반성과 함께 책임 있는 대책을 마련할 것 △항만정책 이외에도 수산업계 보호 및 육성의무와 국민건강증진의 의무를 동시에 지니고 있음을 명시하고 모든 역량을 결집할 것
△특히 이번 사태에 대한 정책실패의 책임을 연구기관이 수산과학원에 전가하지 말고 해양수산부의 정책결정 고위직의 책임지는 자세를 보일 것 △향후 수산과학원장은 반드시 전문성과 경륜을 경비한 수산전문가로 임명하고 확실한 임기와 자율성을 보장하고 나아가 낙하산식 인사에 대해서는 전 직원의 뜻을 모아 강력한 반대투쟁을 전개해 나갈 것을 천명한다는 내용을 성명서를 냈다.