전남 여수에서 전복 종묘를 생산 하는 한 영어조합법인은 지난 11월 하순, 여수세무서로부터 법인세 과세 면제 과세표준신고 해명자료 요청서를 받았다.
조세특례제한법 제67조에 따라 영어조합법인 등에 대한 법인세 면제와 관련해 법인세를 면제받으려는 농어업경영체는 등록확인서를 제출해야 하지만 미제출 상태라는 통보였다. 미등록 경영체일 경우 면제 혜택이 없어져 관련 규정이 만들어진 2015년 이후의 법인세를 납부해야 한다는 것이다.
이 경영체가 면제 혜택을 보지 못할 경우 5년간 법인세 수천만 원을 납부해야 할 상황이다. 이 법인의 경우 등록의무가 없었던 2009년 설립돼 법인 설립 10년이 지났지만 그동안 불이익이 없었다고 한다.
의무 사항이 아니었던 어업경영체 등록이 세금 폭탄을 초래하고 있다.
해양수산부는 지난 2015년 1월 통합적인 해양수산행정을 구현하고 현장 중심의 수산행정체계를 구축하기 위해 국립수산물품질관리원이 수행해왔던 어업경영체 등록 업무를 전국 11개 지방해양수산청(제주해양수산관리단 포함)으로 이관해 관리하도록 해양수산부 직제 시행규칙을 개정했다.
어업경영체 등록은 어업인 또는 어업법인의 경영정보를 국가기관에서 등록·관리하는 제도로서 어업·어촌 관련 융자·보조금을 지원받으려면 반드시 정보를 의무적으로 등록하도록 했다. 하지만 어업인에 대한 맞춤형 복지정책, 수산정책을 추진하기 위한 이 제도가 어업인들에게 불편과 재산상 불이익을 초래하고 있다. 어업경영체가 정부의 지원을 신청하지 않을 경우 등록을 하지 않았다. 감독관청인 지방해양수산청도 의무 등록을 강제하지 않고 방치해 두고 있었다.
지난 2015년 이후부터는 조세특례제한법, 조세특례제한법 시행령이 개정돼 법인세를 면제받으려는 영어조합법인은 과세표준 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액면제신청서와 면제세액계산서 및 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다.
하지만 해양수산부를 비롯한 업무관장기관인 지방해양수산청은 등록 의무에 대한 지도나 제재가 없었다. 지난 2019년 말 현재 해양수산부에 등록된 경영체(어업인 및 어업법인)는 7만308개이며 어업법인(영어조합, 어업회사)은 575개소다.
이번 여수세무서의 해명자료 요청은 법 개정 이후인 2015년부터 5년치가 한꺼번에 부과됐다. 영어조합법인이 경영체 등록을 하지 않았다면 그동안 면제돼온 5년치 법인세가 한꺼번에 부과될 상황이다.
경영체 등록을 하지 않아 세금 혜택에서 제외된다면 경영체 설립 1년 뒤에 바로 조치를 취해야 하지만 그동안 방치해오다 갑자기 청구됨에 따라 어업인들이 날벼락을 맞게 된 것이다. 매출 규모가 큰 김 가공 등 업체일 경우 청구 금액이 수억 원이 넘을 것으로 추정되고 있다. 전국의 어업경영체에 면제 취소가 실시될 경우 어업인들의 피해가 눈덩이처럼 불어날 전망이다.
영어조합 등 어업경영체 관계자들은 이러한 피해 방지를 위해서는 우선 설립된 어업경영체를 대상으로 면제 취소를 유예하고, 일정 유예기간을 두고 등록을 유도해야 한다고 주장하고 있다. 또한 해양수산부가 직접 나서 관계기관과의 협의를 실시하고 경영체 등록을 의무적으로 할 수 있는 제도를 만들어야 한다고 주장했다.
